教育背景
2011年-2018年，卡内基梅隆大学，计算机科学，博士
2011年-2011年，上海交通大学，计算机工程，学士
2008年-2011年，上海交通大学，电气与计算机工程，学士
工作经历
2022年-2024年，上海交通大学溥渊未来技术学院，院长助理
2022年-至今，上海交通大学溥渊未来技术学院，副教授
2021年-2021年，上海交通大学密西根学院，副教授
2020年-2021年，上海交通大学密西根学院，助理教授
2018年-2020年，美国匹兹堡大学医学院，博士后
研究领域
单细胞分析的机器学习和统计方法
癌症多组学、免疫学和精准医学
生物信息学中的组合优化算法
科学中稳定和可解释的人工智能
所获荣誉
2024 ACM SigBio最佳论文奖
腾讯犀牛鸟人才计划
2020 上海市浦江人才计划，CTCSM
2018 ASHG评委优选
2016 ISMB旅行奖
学术兼职
IEEE生物信息与生物医学学会（BIBM）程序委员
《Journal of Computational Biology》编委
《Clinical E-Health》编委
第七届全国计算生物学与生物信息学学术会议议题主持
上海交通大学未来技术国际青年科学家论坛共同主席
代表性论文（近3年的10篇）
Zhou, Jieli, and Hongyi Xin*. “Emerging artificial intelligence methods for fighting lung cancer: A survey.” in Clinical eHealth, 5, 19-34, December 2022.
Jieli Zhou, Baoyu Jing, Zeya Wang*, Hongyi Xin*, Hanghang Tong. “SODA: Detecting COVID-19 in Chest X-rays with Semi-supervised Open Set Domain Adaptation”, in IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 10.1109/TCBB.2021.3066331, March 2021.
Hongyi Xin, Qiuyu Lian, Yale Jiang, Jiadi Luo, Xinjun Wang, Carla Erb, Xiaoyi Zhang, Elisa Heidrich-O’Hare, Qi Yan, Richard Duerr, Kong Chen, Wei Chen. “Sample demultiplexing, multiplet detection, experiment planning and novel cell type verification in single cell sequencing”, in Genome Biology, 21, 188, July 2020.
Qiuyu Lian, Hongyi Xin(co-first), Jianzhu Ma, Lina Konnikova, Wei Chen, Jin Gu, Kong Chen. “Artificial-Cell-Type Aware Cell Type Classification in CITE-seq”, in Oxford Bioinformatics, Volume 33 Issue Supplement_1, November 2020
Hongyi Xin, Mingfu Shao, Carl Kingsford. “Context-Aware Seeds for Read Mapping”, in Algorithms in Molecular Biology, 15, 10, May 2020.
Xinjun Wang, Zhe Sun, Yanfu Zhang, Zhongli Xu, Hongyi Xin, Heng Huang, Richard H Duerr, Kong Chen, Ying Ding, Wei Chen. “BREM-SC: a bayesian random effects mixture model for joint clustering single cell multi-omics data”, in Nucleic Acids Research, gkaa314, May 2020.
Qi Yan, Daniel Weeks, Hongyi Xin, Anand Swaroop, Emily Chew, Heng Huang, Ying Ding, Wei Chen. “Deep-LearningBased Prediction of Late Age-Related Macular Degeneration Progression”, in Nature Machine Intelligence, 2, 141-150, February 2020.
KR Jayaram, Anshul Gandhi, Hongyi Xin, Shu Tao. “Adaptively Accelerating Map-Reduce/Spark with GPUs: A Case Study”, in Proceedings of the 16th The International Conference on Autonomic Computing (ICAC 2019), Umea, Sweden, June 2019.
Zhe Sun, Li Chen, Hongyi Xin, Qianhui Huang, Anthony Cillo, Tracy Tabib, Ying Ding, Jay Kolls, Tullia Bruno, Robert Lafyatis, Dario Vignali, Kong Chen, Ming Hu, and Wei Chen. “BAMM-SC: A Bayesian Mixture Model for Clustering Droplet-Based Single Cell Transcriptomic Data from Population Studies”, in Nature Communications, 10(1), Page 1649, 2019.
讲授课程（近5年）
《算法与数据结构导论》
《生物信息学》
